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Nanopore建庫測序

平臺介紹

Nanopore平臺是新興的實時單分子納米孔測序技術平臺:借助單個分子通過納米孔時引起孔兩側電位差來實現信號檢測,納米孔的直徑僅允許單個核苷酸聚合物通過,而ATCG四種堿基的帶電性質不同,因此通過電信號差異特征即可檢測出通過納米孔的堿基類型,從而實現測序。2018北京百邁客生物科技有限公司與牛津納米孔公司(Oxford Nanopore Technologies,簡稱ONT)達成長期合作,基于ONT測序平臺進行產品開發與應用。

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提取檢測

提取的核酸質量是影響ONT測序讀長的關鍵,百邁客實驗團隊歷時2年針對ONT平臺提取研發、探索。總結積累了水產、林木、中藥、作物、哺乳動物等多種物種提取經驗,并通過NanoDrop、Qubit、瓊脂糖膠多種方法完成檢測。

建庫

jianku

ONT建庫目前主要采用連接測序試劑盒(Ligation Sequencing Kit)的方法,通過末端修復、添加測序接頭直接建庫,操作簡便。同時根據實驗目的可自主選擇片段篩選、非片段篩選、片段打斷等多種建庫方式完成測序。

測序

ONT測序平臺通過電信號識別堿基序列。當DNA/RNA單鏈通過納米孔時,不同的堿基會形成特征性離子電流變化信號,通過對這些信號檢測,可獲得相應堿基類型,完成測序。

nanopore

平臺優勢

Nanopore GridION X5測序儀
  • 讀長更長,平均讀長可達20kb,最長可達到Mb級別。(理論上提取多長測多長)
  • 測序過程中不具有由PCR反應引起的GC偏好性,基因組覆蓋更均勻。
  • 可直接讀取甲基化等序列修飾信息。
  • 直接完成全長轉錄組的定性、定量分析。
  • 成本更低

百邁客ONT建庫測序優勢

  • 項目經驗豐富
  • 高質量的數據產出
  • 45天完成建庫測序(以測序數據量<200Gb計算周期)
  • 中國大陸目前首家且唯一一家全部通過 PromthION/GridION平臺及DNA/RNA樣本官方認證的公司。

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